פסוקים רבים נאמרו אודות הטהרה המיוחדת שתהיה לנו בגאולה האמיתית והשלמה. בימי הסליחות וביום הכיפורים אנו מייחלים בתפילות לטהרת הגאולה: "זרוק עלינו מים טהורים וטהרנו, כמה שכתוב: 'וזרקתי עליכם מים טהורים וטהרתם, מכל טומאותיכם ומכל גלוליכם אטהר אתכם' (יחזקאל לו, כה)". פסוק ידוע נוסף שנאמר על הגאולה הוא: "ואת רוח הטומאה אעביר מן הארץ" (זכריה יג, ב). בזיקה לכך, מעודד הרבי מליובאוויטש מלך המשיח לבנות מקוואות טהרה, כהכנה לגאולה, וכפי שאמרו חכמינו ז"ל: "טהרה מביאה לידי... אליהו הנביא מבשר גאולתנו".
 
מהי אותה טהרה?
 
לדעת רש"י ומפרשים נוספים, מדובר בתהליך טהרה מטומאת-מת. לעתיד לבוא, הקדוש-ברוך-הוא (ולדעות מסוימות יהיה זה אהרן הכוהן) יזה ממי-חטאת (מי מעיין מהולים באפר שנותר משרפת פרה אדומה) על כל עם ישראל, ובכך ניטהר לנצח, כיון שלעתיד לבוא לא יהיו יותר מתים. לפי מפרשים אחרים, הטהרה המדוברת היא התעוררות רוחנית לתשובה שתגיע בזמן הגאולה. 
 
הקשר נוסף של טהרה אלוקית מופיע לגבי המבול הגדול, בזמן נוח. אדמו"ר הזקן (רבי שניאור זלמן מלאדי) מסביר שהמבול נועד לטהר את העולם מטומאת החטאים של בני האדם. כשם שאדם שרוצה להיטהר נכנס כולו לתוך מקווה, כך העולם כולו הוצף במים כדי להיטהר. מסיבה זו, ירד המבול במשך ארבעים יום וארבעים לילה – מספר שמזכיר את כמות המים שנדרשת למקווה טהרה – ארבעים סאה (סאה = כ-8.3 ליטר).
 
המבול לא יחזור על עצמו, כפי שהבטיח הקדוש-ברוך-הוא לנוח, אולם תהליך רוחני זהה למבול – ונעלה ממנו – יתרחש בגאולה השלמה. וכך כותב הרמב"ם בחתימת חיבורו 'משנה תורה': "ובאותו הזמן... לא יהיה עסק כל העולם אלא לדעת את השם בלבד, שנאמר: 'כי מלאה הארץ דעה את השם, כמים לים מכסים' (ישעיה יא, ט)". המבול הגשמי איבד את מציאותם של הנבראים, אך המבול הרוחני – ההצפה של היקום ב"דעה את השם" – לא יביא לאיבוד המציאות, וזו תהיה ייחודיותו.