בפסוק "כי לא באתם עד עתה אל המנוחה ואל הנחלה" רמוזים משכן שילה ובית המקדש שבירושלים. אלה הן התחנות היחידות של השכינה שנחשבות למנוחה ונחלה של קבע. התחנות האחרות שהיו למשכן – במדבר, בגלגל, בנוב ובגבעון – לא נחשבות למקום מנוחה ונחלה.
 
ההשוואה של משכן שילה לבית-המקדש באה לידי ביטוי במספר פרטים: המשכן בשילה (כמו בית המקדש שבירושלים) נבנה מאבנים, ולכן היה בניין של קבע. גם מספר השנים שמשכן זה היה קיים – 369 – היה רב ביחס לשנים שהמשכן היה קיים בכל המקומות האחרים (לא יותר מעשרות בודדות של שנים).
 
לקביעות הזו הייתה השלכה הלכתית: בתקופת משכן שילה, כמו מאז שנבנה בית-המקדש, נאסרה ההקרבה בבמות זביחה פרטיות. הקרבת קרבנות הייתה מותרת אך ורק במשכן. הבחירה האלוקית במקום מסוים כמקום מנוחה לשכינה, הביאה לכך שהוא יוגדר כ"בית" קבוע וכתוצאה מכך נוצר איסור להקריב במקומות שאינם "בית".
 
עם זאת, רק בית המקדש שבירושלים מכונה "בית הבחירה". כי אמנם גם במשכן שבשילה הייתה בחירה מסוימת, שהרי גם אליו מתייחס הפסוק "והיה המקום אשר יבחר השם" – אולם זו הייתה בחירה נסיבתית: כדי שיהיה לבני ישראל מקום מיוחד להקרבת קרבנות. לעומת זאת הבחירה בירושלים הייתה מצד הרצון האלוקי שבמקום זה תשרה השכינה לנצח, ולכן דווקא כאן ניתן התואר 'בית הבחירה'.
 
מסיבה זו, על משכן שילה נאמר "והבאתם שמה". קודם 'והבאתם' ואחר כך 'שמה', כי הדגש הוא על  המביאים – שיהיה לבני ישראל להיכן להביא קרבנות. לעומת זאת על בית המקדש נאמר "שמה תביאו": בגלל שיש 'שמה', יש מקום נבחר מצד עצמו – ממילא לשם 'תביאו' ולא לשום מקום אחר.