פרשת בהעלותך ממשיכה לאחר חנוכת המשכן על ידי הכהנים בפרשה הקודמת - פרשת נשא.
 
בעליה הראשונה התורה מתחילה לצוות את משה לאמור לאחיו אהרן להדליק את המנורה באופן כזה שהמנורה תדלק מאליה, העשויה מחתיכת זהב אחת.
 
העליה ממשיכה בהוראות אודות חינוכם של הלויים לעבודה. התהליך כולל גילוח כל שערם בסכין (לחלק מהדעות הגילוח לא כולל את הזקן והפאות), ולאחר מכן טבילה במשכן וכן הבאת קרבן. לאחר מכן על הלויים להגיע לאוהל מועד, שם שאר העם יסמכו את ידיהם עליהם. כעת יהיו הלווים מובדלים משאר בני ישראל לעבודת הקודש במשכן
 
בעליה השניה חוזרת התורה על כך שהקב"ה לקח את הלויים במקום הבכורות של כלל עם ישראל. ה' אומר שהבכורות היו קדושים לו ביום שהרג את כל בכורי מצרים והגן על בכורי בני ישראל. כעת ערכו משה, אהרן ושאר עם ישראל את טכס החינוך של הלויים המפורט בעליה הקודמת (הלווים גילחו שערם, טבלו ולאחר מכן סמכו שאר העם את ידיהם עליהם). לאחר מכן הרים משה כל אחד מהלוים תנופה והניח חזרה, כשבאופן ניסי אהרן הצליח להרים ביום אחד את כל עשרים ושניים אלף הלויים!
 
בהמשך לכל ממשיכה התורה בפירוט אחר של הלויים והוא: עליהם למלאות תפקידם מבן עשרים וחמש שנים ועד בן חמישים שנה. מגיל עשרים וחמש, במשך חמש שנים על הלוי ללמוד את העבודה, ולאחר מכן במשך עשרים שנים נוספות הוא מכהן במשכן.
 
רש"י מציין כי העליה השלישית נפתח בתיאור ההתרחשות בחודש ניסן בשנה השניה לאחר יציאת מצרים, כאשר ספר במדבר (שהתחיל שתי פרשות קודם לכן) מתחיל חודש לאחר מכן. מכאן לומדים פעם נוספת כי אין מוקדם ומאוחר בתורה.
 
בעליה הזאת מצווה הקב"ה את משה את מצוות חג הפסח. למרות זאת, היו כאלו שלא יכלו לחגוג את החג כיון שהיו טמאים ולכן לא יכול להצטרף לכלל ישראל בחג. יהודים אלו באו למשה בטענה "למה נגרע", ומשה אכן פנה אל ה' שציוה על קיום "פסח שני" לאותה שנה וגם באופן קבוע, כאשר חודש לאחר הפסח, בתאריך י"ד באייר ניתנת הזדמנות שניה לחוג את פסח
 
בעליה הרביעית מתארת התורה את הסימן של השכינה לפיו ידעו בני ישראל מתי עליהם לנסוע ומתי עליהם לחנות במדבר. מיום חנוכת המשכן שכן ענק על אוהל העדות במשך היום, ועמוד אש במשך הלילה. כאשר התרומם הענן היה בכך סימן שעליהם לנסוע, וכאשר נח הענק היה בכך סימן שכאן הוא מקום חנייתם. לעיתים נח הענן רק לימים ספורים או אפילו לילה בודד, אך לעיתים היה נח הענן במשך שנים במקום אחד.
 
בהמשך מתארת התורה את שתי חצוצרות הכסף שהיה על משה להכין. בני אהרן היו תוקעים בחצוצרות לפי ציווי משה. כל תקיעה היתה למשהו אחר, כולל אסיפת כל העדה או רק אסיפת הכהנים וכן התחלת המסע. כמו כן כאשר יצאו למלחמה היתה תקיעה שונה כדי להיזכר על ידי הקב"ה.
 
בעליה החמישית אנו קוראים על הפעם הראשונה שהענן התרומם מעל המשכן. היה זה כאשר בני ישראל חנו ליד הר סיני קצת פחות משנה, וכעת החלו במסע הראשון בהתאם לסדר עליו ציוה ה' בפרשות הקודמות. בשלב זה חשבו כולם כי הם רק במרחק שלושה ימים מהכניסה לארץ ישראל, ולכן משה ביקש מחותנו יתרו להצטרף אליו ולהכנס לארץ ביחד עם כל עם ישראל, אך יתרו סירב להצעה.
 
העליה השישית מתחילה עם האו"ת 'נ' הפוכה ואז הפסוק "ויהי בנסוע..." אותו אומרים כאשר מוציאים ספר תורה מארון הקודש לקריאה בו ובסיומו 'נ' נוספת. האות ההפוכה אכן כתוב כך בספר התורה עצמו, ורש"י מפרש כי זהו סימן כי פסוק זה הינו בעצם לא שייך לכאן, עד כדי כך שהוא נחשב לחומש נפרד משאר חמישה חומשי תורה.
 
אך כעת, שלושה ימים קודם הכניסה המתוכננת לארץ ישראל, החל העם להתלונן על המן ולהשוות את האוכל שהיה להם במצרים, ומשה מצידו מבקש מהקב"ה עזרה וסיוע להנהיג את עם ישראל. על כך השיב לו הקב"ה כי עליו לאסוף שבעים איש מזקני ישראל שהם יסייעו לו.
 
בעליה השביעית מספרת התורה על כך שה' הביא רוח שהביא עימה שלוים מן הים, והיו כאלו שאספו כל היום וכל הלילה מהעוף לאכילה, אלא שה' לא ראה זאת בעין יפה והוא הרג רבים מהם.
 
בערך בזמן זה שמעה מרים אחות משה כי אחיה נפרד מאשתו ציפורה והיא דיברה נגד משה באזני אהרן. הקב"ה החשיב זאת כלשון הרע והעניש אותה בצרעת. משה התפלל להחלמתה, אך היא עדיין היתה צריכה לצאת לשבעה ימים מחוץ למחנה, וכל העם חיכה לכך עד שהחלימה ורק אז המשיכו כולם במסע הבא למדבר פארן.