כשעלה על כס קיסרות רומי המלך אנטונינוס פיאוס, הוקלו הגזירות ורבי שמעון בר יוחאי, יחד עם יתר התנאים, יכלו שוב ללמד ולהפיץ את תורת ה׳ בגלוי. התנא רבי יהודה בן בבא הסמיך אותם ושוב קמו לתחייה הישיבות בארץ ישראל ושקקו תלמידים לרוב.
אולם רבי שמעון בר יוחאי, שנא את קיסרות רומי שנאה גדולה, על רדיפותיה נגד התורה ושומריה, וכשהתבטא בחריפות נגד המלכות, בקשו לאסרו ולענשו.
תחלה הסתתרו רבי שמעון ובנו בבית המדרש, אחר כך כשהסכנה לשלומו גברה, ברח מן העיר ומצא מקלט במערה.
מיד צמחו בפתח המערה עצי חרובים ואף מעין מים חיים החל מפכה ליד המערה. ממזון מופלא זה ניזונו רבי שמעון ואלעזר בנו משך כל זמן היותם במערה - שלש עשרה שנה.
במשך שלש עשרה שנים אלו הגה רבי שמעון בר יוחאי ובנו בתורת ה' יומם ולילה, הם העמיקו להתבונן בסודות הא-ל שבתורה ובבריאה האלקית של העולם.
* * *
בצאתו מן המערה, לאחר שלש עשרה השנים, התפרסם רבי שמעון יותר מאשר לפני ההיסתתרות, כאיש אלקים ותנא גדול. רבי שמעון ובנו נסעו אחר כך לטבריה, לפי הוראות הרופאים, כדי להתרפאות בחמי טבריה, משום שגופם הצטמק בתקופה זו שהתחבאו במערה.
העיר טבריה מוחזקת היתה בתקופה ההיא לעיר לא טהורה, כי היה בקבלה שנבנתה (על ידי הורדוס אנטיפס - נכד הורדוס הגדול) על קרקע שהיה עליה בית קברות. אולם כשרבי שמעון בר יוחאי ובנו נתרפאו במימי "חמי טבריה", קבלו על עצמם לתת תודה לעיר זו, והתשורה - טהרו את העיר: הם חקרו ובדקו איזה חלק מהעיר טמא, ויתר האזורים הוכשרו לכל ישראל, אף לכהנים.
עננים שחורים עלו שוב על שמי ישראל. בבבל פרצה התקוממות נגד מלכות רומי וחלק גדול מבני ישראל שבארץ ישראל לקחו חלק גדול בהתקוממות זו. המרד נמשך ארבע שנים, הרומאים נצחו לבסוף, והרדיפות נגד היהודים בארץ ישראל גברו והלכו.
ברומי הוכתר בינתיים למלך, מרקוס אורליוס שהיה ידוע לאדם ישר וטוב לב. היהודים החליטו לשלוח משלחת לרומא ולבקש להקל את מצוקת הגזירות.
פני ישראל הופנו לעבר רבי שמעון בר יוחאי שיעמוד בראש המשלחת. במשלחת השתתף גם רבי אלעזר, בנו של רבי יוסי, ששלט היטב בשפה הלטינית ובאורח פלא הצליחה המשלחת בתפקידה באופן יוצא מן הכלל.
* * *
הדבר הראשון והעיקרי בחייו של רבי שמעון בר יוחאי - היה לימוד התורה. הוא היה אומר: ״שלושה שאכלו על שלחן אחד ולא אמרו עליו דברי תורה, כאילו אכלו זבחי מתים (כלומר: הקרבנות שעובדי האלילים היו מקריבים לאלילים המתים (אבות פ״ג מ״ג).
אמר רבי שמעון: ״חמורה אונאת דברים מאונאת ממון (ב״מ נ״ה). סיפור מענין מסופר (במדרש שיר השירים רבה פ״א) בזמן שרבי שמעון בר יוחאי היה בצידון: ״מעשה באשה אחת בצידון ששהתה עשר שנים עם בעלה ולא ילדה, באו לפני רבי שמעון בר יוחאי ורצו להתגרש זה מזה, אמר להם: כשם שכשנשאתם זה לזה היה זה במאכל ובמשתה, כך אין אתם מתגרשים, אלא מתוך מאכל ומשתה. הלכו ועשו לעצמן יום טוב, ועשו סעודה גדולה ושכרתו יותר מדי, כיון שהתיישבה עליו דעתו אמר לה: בתי, ראי כל חפץ טוב שיש לי בבית, טלי אותו ולכי לבית אביך! מה עשתה היא? לאחר שישן רמזה לעבדיה ולשפחותיה ואמרה להם: שאוהו במטה וקחו אותו והוליכוהו לבית אבא...
בחצי הלילה ניעור משנתו, כיון שפג יינו, אמר לה: בתי היכן אני נתון? אמרה לו: בבית אבא. אמר לה: מה לי ולבית אביך? אמרה לו: ולא כך אמרת לי בערב - כל חפץ טוב שיש בביתי טלי אותו ולכי לבית אביך, ואין חפץ טוב לי בעולם יותר ממך...
הלכו להם למחרת אצל רבי שמעון בר יוחאי ולאחר ששמע את דבריהם לא רצה שוב לגרשם, אלא עמד והתפלל עליהם ונפקדו בבנים״.
* * *
כאמור, ישבו רבי שמעון ובנו 13 שנה במערה, וה׳ עצמו כלכלם ופרנםם. נסים רבים ארעו להם שם, עד שבא אליהם אליהו הנביא ובישר להם כי המלך מת ויכולים הם לצאת ממקום מחבואם.
כשיצאו מחמחבוא, התקבצו אליהם תלמידים רבים, והם למדום גם את החכמה האלקית של ה״קבלה״, וגילו לפניהם סודות ורזים רבים, שלא היו ידועים עד אז לכולם. הדברים הובאו אחר כך בספר ״הזוהר״ הקדוש.
במשך מאות שנים עבר ספר ״הזוהר״ הקדוש מדור לדור, עד אשר חכם גדול אחד, בשם רבי משה ברבי שם טוב די ליאון שחי לפני 700 שנה פרסם כתב יד עתיק של ״הזוהר״ הקדוש שחיבר רבי שמעון בר יוחאי.
מאז נפוץ ספר ״הזוהר״ בין כל ישראל ומוחזק כספר קדוש, חכמים רבים החלו ללמד בספר ״הזוהר״ (שנכתב בלשון הארמית), ומצאו בו מעיין מתגבר של קדושה וטהרה לרומם את הנשמה ולהגיע על ידו אל המדרגות העילאיות ביותר בעבודת הבורא.
רבי שמעון בר יוחאי אמר: בחבורי זה (כלומר בזכות ספר ״הזוהר״) יצאו ישראל מהגלות.
* * *
כשחלה רבי שמעון בר יוחאי למות, נכנסו רבי פנחס, רבי חייא ורבי אבא לבקרו. מצאו שרבי אלעזר משרת את אביו החולה. רבי שמעון היה חולה מאד וימיו היו ספורים.
קראו אליו התלמידים בצער: עמוד העולם, כיצד אתה יכול לעזוב את העולם?! אולם רבי שמעון הרגיע אותם ואמר להם, כי הוא הולך להתיצב בפני בית דין של מעלה והוא בטוח כי ה׳ הרחום מכפר עוון.
תוך כדי דיבור, פתאום נשתתק רבי שמעון ועל הנוכחים נפל פחד גדול. מיד הרגישו ריח נהדר, בו נתמלא החדר, ושמעו את רבי שמעון מנהל שיחה שוטפת עם מישהו. הם לא ידעו עם מי.
לשאלת התלמידים על פשר הדבר, ענה רבי שמעון: עתה הראו לי את מקומי בגן העדן אולם לא הייתי שבע רצון, על כן בחרתי לעצמי מקום ליד הנביא אחיה השילוני. וכשחזרתי הבאתי איתי קצת ריח גן עדן. זה היה מה שהרגשתם ומה שהחיה אתכם כל כך.
בל״ג בעומר בא והתלמידים הרגישו שזה היום האחרון, בו יהיה רבם אתם בחיים. התכנסו כולם סביבו ורבי שמעון החל חוזר אתם על סודות התורה שלימדם בעבר. אורה גדולה הקיפה את הבית והתלמידים שנבהלו יצאו החוצה. בפנים נשארו רק רבי אלעזר ור׳ אבא.
אז פקד רבי שמעון להכניס את רבי יצחק שהושיבו על ידו וביקשו להקשיב לדברי התורה שיאמר.
לאחר שגם חבריי ותלמידים אחרים נכנסו, התישב רבי שמעון במטה ואמר להם: ״עת רצון היום והשכינה שורה עלינו. אני אגלה לכם עתה סודות כמוסים של התורה, סודות שלא גיליתי עד כה לאף אחד. יקח נא רבי אבא קולמוס וגוויל וירשום כל מלה. ואתם תקשיבו היטב היטב, כדי שדברי ייכנסו לא רק לאזניכם, כי אם גם ללבכם״.
התעטף רבי שמעון בטליתו והחל לומר דברי תורה, בגלותו סודות הכמוסים בפסוקי התורה, הנביאים והכתובים. באמצע הפסיק רבי שמעון ויצווה להעמיד כסא ליד מטתו, בשביל נשמת חתנו, רבי פנחס בן יאיר, שירדה מגן עדן, כדי לשמוע את דבריו האחרונים של רבי שמעון. בשמעם זאת, נפל פחד גדול על כל הנוכחים שישבו על הארץ שפופים ושמעו את דברי רבי שמעון בנשימה עצורה.
רבי שמעון החל דורש על הפסוק ״כי שם ציווה השם את הברכה חיים עד העולם״ וכשהגיע למלה ״חיים״, נשתתק רבי שמעון, ורבי אבא שהחזיק את הקולמוס בידו וחיכה להמשך, שוב לא שמע יותר מאומה. ברגע זה נתמלא כל החדר אור מסנוור, עד שהתלמידים לא יכלו לראות את המתרחש סביבם. הם ידעו רק, כי אלה הם הרגעים האחרונים של רבם הנערץ עלי אדמות. הם שכבו על הארץ ופניהם למטה וגעו בכי תמרורים.
* * *
אחר זמן קצר נעלם האור והתלמידים קמו על רגליהם נכחו כי רבם נפטר מן העולם כשחיוך מתוק ומשובב נסוך על שפתיו, כאילו היה חולם חלום טוב.
מרוב צער ובכי נעתקו מלים מפיהם של הת מידים, עד שרבי חייא התחזק ואמר להם: הגיעה העת לתת לרבנו את הכבוד האחרון. הבה נלווה את רבנו נר ישראל, קודש הקדשים למנוחתו האחרונה בכבוד הראוי לו.