מצוות ספירת העומר קשורה בקשר הדוק עם הגאולה האמיתית והשלמה. לפי רוב הפוסקים, חיוב הספירה מן התורה תלוי בזמן שבו מקריבים את קרבן העומר במוצאי חג הפסח ולכן כל עוד לא הגיעה הגאולה ונבנה בית-המקדש והתחלנו להקריב קרבנות, בלתי אפשרי לקיים את המצווה כהלכתה. 
 
בשולחן ערוך לאדמו"ר הזקן מוסבר, כי זו הסיבה לכך שבכל ערב לאחר הספירה אנו מוסיפים ומבקשים "הרחמן הוא יחזיר לנו עבודת בית המקדש למקומה במהרה בימינו, אמן סלה" – "לפי שעכשיו אין אנו סופרים אלא זכר למקדש, ואין בספירה זו עשיית מצווה כלל (מן התורה), (משום) שהמצווה היא לספור ל(קרבן) עומר (=מנחת שעורים שמקריבים ביום השני של חג הפסח) ועכשיו אין לנו עומר לספור לו. אלא שחכמים תקנו זכר למקדש. לפיכך מתפללין שייבנה בית המקדש ונקיים מצווה כתיקונה".

לדברי הר"ן (רבינו נסים) ובעל 'המאור' זו גם הסיבה לכך שלא מברכים "שהחיינו" בפעם הראשונה בכל שנה שמקיימים את מצוות ספירת העומר (בשונה ממצוות אחרות שמקיימים מעת לעת, כמו קריאת מגילה ונטילת לולב, שעליהן מברכים 'שהחיינו'): א. ברכת 'שהחיינו' נאמרת רק על קיום מצווה כהלכתה, ואילו ספירת העומר כיום אינה אלא זכר למצווה. ב. ברכה זו נאמרת רק על מצווה שמביאה לידי שמחה והנאה, ואילו ספירת העומר כיום אין בה שום הנאה ושמחה אלא היא רק מזכירה "לעגמת נפשנו לחורבן בית מאוויינו".
 
אמנם ישנן דעות כי גם כיום הספירה היא מן התורה, אך גם לפיהן מבקשים לאחר כל פעם שסופרים, שייבנה  בית המקדש בגאולה השלמה, משום שמשמעותה של ספירת העומר היא טהרה וציפייה לקבל את התורה בקדושה, וזהו אפוא העיתוי המתאים להזכיר את ציפייתנו לקדושה שתאיר עלינו בגאולה.
 
בנוסף לכך, גם לפי דעות אלו תהיה מצוות ספירת העומר מושלמת יותר בגאולה השלמה. וכמו שאמר רבי חייא: "אימתי הן תמימות (מתי הספירה תמימה ומושלמת) – בזמן שישראל עושין רצונו של מקום" – כאשר נקיים כולנו את רצון של הקדוש-ברוך-הוא ונזכה לבניין בית-המקדש ולהקרבת קרבן העומר וכל הקרבנות.
 
מקורות: ויקרא רבה פרשה כח, ג. פסיקתא רבתי פרק יח. בעל המאור ור"ן על הרי"ף סוף מסכת פסחים. תוספות על מגילה כ, ב. משנה תורה לרמב"ם, הלכות תמידין ומוספין פרק ז הלכה כד ובנושאי הכלים שם. שולחן ערוך אדמו"ר הזקן סימן תפט סעיפים ב, יא. הרבי מליובאוויטש – איגרות קודש כרך כג עמוד קפז (אגרת ח'תתכג), ליקוטי שיחות חלק לו עמוד 15 ושיחת אחרון של פסח תנש"א, שיחה א סעיף ט ושיחה ב סעיף ג.