מצוות ספירת העומר כיום אינה אלא זכר למצווה המקורית, ורק כשיבוא משיח נשוב ונקיים את המצווה כהלכתה. 

מציאות זו מעוררת שאלה מעניינת, שיכולה להיות אקטואלית בכל רגע: מה יקרה אם משיח יבוא באמצע ספירת העומר? הרי מרגע שבא המשיח הופכת הספירה להיות ספירה חדשה מבחינה מהותית, ולכאורה אי אפשר לראות בה המשך לספירת הימים הקודמים.

להתחיל לספור מהתחלה אי אפשר, כי המצווה היא להתחיל לספור ממחרת היום הראשון של חג הפסח. חייבים אפוא להמשיך ולספור את הימים בהתאם ליום שבו אוחזים, אך זו כביכול ספירה תלושה – כלומר, ספירה שהתחילו אותה מהאמצע – משום שמבחינה מהותית, כאמור, אי אפשר לחבר אותה אל הספירה שעד אותו יום. ולפיכך יש מקום לומר כי יהיה עלינו להמשיך לספור בלי ברכה, כמו כל מי שאיבד את רצף הספירה מכל סיבה שהיא.
 
מצד שני, ניתן לומר כי המהותיות לא משפיעה על העובדתיות, ומבחינה עובדתית – ספרנו עד היום ואנחנו ממשיכים לספור. מה גם, שאפילו מבחינה מהותית, מכיוון שהשנה לא הקרבנו את קרבן העומר ביום התחלת הספירה (כפי שמצווה התורה לספור "מיום הביאכם את עומר התנופה") – הרי שגם אם בא המשיח תהיה הספירה לא מושלמת, בדיוק כמו לפני שהוא בא, ואם כן נוכל לברך עליה. 
 
לפועל, כותב הרבי מליובאוויטש מלך המשיח, כי מרגע שבא המשיח הופכת הספירה להיות כהלכתה, למרות שלא הקריבו את קרבן העומר, משום שלא נאמר בתורה לספור "מהקרבתכם את העומר", אלא "מיום הביאכם את העומר".  כלומר, מהיום המיועד להקרבה (ובתנאי שקיימת אפשרות להקריב). לכן ברגע שנוצרה מציאות שמאפשרת להקריב את העומר (בזמנו), למרות שבפועל לא הקריבוהו – נחשבת הספירה מאותו רגע ספירה מהתורה.
 
הרבי גם מצטט את הכרעתו ההלכתית של הרב ממונקאטש לפיה נוכל לברך בהמשך הספירה. ההכרעה מבוססת על דברי הרדב"ז (רבי דויד בן זמרה), כי חלק ממהותה של מצוות הספירה היא "תספרו חמישים יום" – להגיע אל היום החמישים, חג השבועות – ומבחינה זו אין שום בעיה להחשיב את הספירה שלאחר ביאת המשיח כהמשך לספירה שלפני כן, שגם היא הייתה כדי להגיע אל היום החמישים.
 
מקורות: שאלות ותשובות הרדב"ז סימן א'שכז. שולחן ערוך ונושאי כליו סימן תפט סעיף ח. שולחן ערוך אדמו"ר הזקן שם, סעיפים כג-כד. סוף ספר נימוקי אורח חיים לרב ממונקאטש. שיחות הרבי מליובאוויטש אחרון של פסח תנש"א שיחה ב סעיפים ו-ז ובהערה 47. ליקוטי שיחות חלק א, בסיום השיחה לפרשת אמור.