בכל אחד ואחת מאיתנו ישנו ניצוץ א-לוהי - "חלק א-לוה ממעל"; חלק מהבורא. כך נכתב בנביא יואל, ובספר "התניא" הוסיף רבינו כי הנשמה היא 'חלק א-לוה ממעל ממש' – כדי ללמדנו שלא מדובר במליצה, אלא הכוונה היא כי הניצוץ הא-לוהי שבנשמה הוא חלק ממש מהבורא.
 
אין הכוונה כאן שהבורא התחלק לחלקים רבים ח"ו, אלא כשם שבחלק מדבר מסויים יש את כל המרכיבים של הדבר עצמו (למשל בחלק מתפוח, יש את כל המרכיבים של התפוח, רק בצורה מזערית), כך גם הניצוץ הא-לוהי שבנשמת היהודי הוא חלק ממש מהבורא.
 
רבי חיים ויטאל (גדול תלמידי האר"י הקדוש), למד זאת מהפסוק בתורה: "ויצר ה' א-להים את האדם עפר מן האדמה, ויפח באפיו נשמת חיים..." (בראשית ב, ז). פסוק זה נאמר לגבי נשמת האדם הראשון - שנשמתו הייתה נשמה כללית, שכללה את כל נשמות ישראל, והקבלה מסבירה שהביטוי של נפיחה בפסוק זה, הוא משל מנפיחת אדם בפיו, המגיעה מתוך האדם עצמו. כמו שנכתב בזוהר: "מאן דנפח מתוכיה נפח" – כשאדם נופח בפיו, הוא עושה זאת מתוכיותו, כדי ללמדנו שהנשמה עליה כתוב "ויפח" היא ממש חלק מהבורא. בדומה לאדם שנופח אוויר - שמוציא את האוויר מתוכיותו – כך גם נפיחת נשמת האדם על-ידי הבורא כביכול, נעשתה מפנימיותו של הבורא ממש.
 
כמובן שכל זה הוא משל ואין הכוונה שיש לבורא דמות הגוף ח"ו, ומה שנאמר כאן "ויפח" אין הכוונה לנפיחה גשמית. אלא הביטוי של נפיחה הוא משל מלשונם של בני האדם, כדי להמחיש לנו שהנשמה היא חלק ממש מהבורא. כי יש הפרש והבדל גדול אצל בני האדם בהבל היוצא מהפה בדיבור לבין ההבל היוצא מהפה על-ידי נפיחה, שבהבל היוצא בדיבור אין חיות מכוחו של האדם – ולכן אדם יכול לדבר שעות רבות ופעולת הדיבור אינה מעייפת אותו, אך לעומת זאת בנפיחה מלובש כח וחיות פנימית של האדם, ולכן פעולת הנפיחה בפה מעייפת את האדם כעבור זמן קצר. וכך הבורא יצר את העולם כולו בחיות חיצונית ממנו יתברך המשולה להבל פה, כמו שכתוב "בעשרה מאמרות נברא העולם", אך נשמת היהודי הינה חלק ממש מהבורא, כמו הנפיחה שהינה חלק מהאדם הנופח ויש בה את החיות הפנימית שלו.
 
כך נאמר גם בתפילת השחר לגבי כל יהודי: "א-לוהי, נשמה שנתת בי טהורה היא, אתה בראת, אתה יצרת, אתה נפחת בי". את הנשמה, שהיא חלק מהא-ל, נפח הבורא בגופנו הגשמי, ובהיות הנשמה בגוף היא נותרת אצלנו כפיקדון מאת ה' – ועלינו לשמור אותה טהורה כמקודם. כפי שכתוב בסיום תפילה זו "ואתה עתיד ליטלה ממני לעתיד לבא".
 
מקום משכנה של הנשמה הוא במוח שהוא בראש, כי עיקר מהותה של הנשמה הוא השכל, ומקום השכל הוא בראש. ממקום משכנה של הנשמה בראש היא מתפשטת לכל האברים, על-ידי שלושת כוחות המוחין שהם חכמה, בינה ודעת. לכל אחד מאותם כוחות ישנו חלל בראש שבו הוא שוכן ומשם מתפשטים כוחות אלו לשאר אברי הגוף. באמצעות כוחות אלו מתפשטת גם הנשמה לכל האברים.
 
מלבד משכן הנשמה במוחין שבראש, שוכנת הנשמה גם בחלל הימני שבלב שהוא ריק מדם. כמו שכתוב "לב חכם לימינו" – שפסוק זה רומז על הנשמה שנקראת חכם - מול היצר הרע הנקרא 'כסיל' ושוכן בחלל השמאלי שבלב, בו שוכנות תאוותיו של האדם, מכיון שזהו המקום בו מלא הדם, המסמל את תאוותיו של האדם והמשיכה אחר הרע. אך מלבד החלל השמאלי שבלב, שבו שוכנות התאוות, ישנו כאמור גם החלל הימני בו שוכנת גם הנשמה ומתגלה שם במידות.
 
כתוצאה מההתבוננות בשכל בגדולת הא-ל, מתעוררות שתי המידות של אהבה ויראה לה', המביאות לגילוי הנשמה בכך שהאדם מרגיש את אהבת ה' ויראת ה'. שכן זוהי כוחה של הנשמה, בזכותה אנו יכולים לחוש את אהבת ויראת ה'. ולמשל כשמתבונן בשכלו בגדולתו של הבורא ובכבודו של מלך-מלכי-המלכים ורואה זאת בעיני שכלו, הרי שראייה שכלית זו פועלת להרגשת הלב באהבת ויראת ה' ובכך מתגלית הנשמה במידות אלו.