כפי שזה מסתבר משמו, היתה משפחתו ממוצא יהודי גרמני, לפני שהיא עברה לגור לירושלים עיר הקודש. כאן נולד האיש הגדול הזה, שעתיד היה למלא תפקיד מרכזי לא רק בהתפתחות הרוחנית של תקופתו, אלא שהשפעתו מורגשת עד ימינו אנו.

בגיל צעיר מאוד נתיתם רבי יצחק לוריא מאביו והוא הלך לקהיר שבמצרים, שם דאג לגידולו וחינוכו דודו העשיר, ר׳ מרדכי פרנס. הוא למד בישיבת רבי דוד בן זמרה (הרדב״ז), הרב הראשי של מצרים, שהתפרסם כמחברם של ספרי שאלות ותשובות הרדב״ז. הצעיר המוכשר נהיה אחד התלמידים המקורבים של הרדב״ז ובלימודיו הגיע להשגים גבוהים ביותר. הוא אף חיבר פירוש למסכת זבחים.

כאשר דודו, ר׳ מרדכי פרנס, ראה כי קרובו הצעיר מצליח בלמודים, הוא נתן לו את בתו לאשה והבטיח לדאוג למחיתו ביד נדיבה.

אולם רבי יצחק לוריא, שנחון בנשמה עלאית, לא הסתפק בלימוד ההלכה בלבד. הוא השתוקק לדעת את חכמת הקבלה והקדיש את חייו ללימודה ולפתוחה. בגיל צעיר החל להתבודד על שפת הנילוס ובמשך 7 שנים חי לבדו, כשהוא שקוע בלימוד ספר הזוהר, היצירה העיקרית של חכמת הקבלה, וכן ספרי קבלה אחרים. הוא נהג לחזור אל משפחתו רק פעם אחת בשבוע, ליום שבת.

בהיותו מחונן בנשמה אצילה, התמסר כולו לחקר החכמה הנסתרת ותר אחרי השגת הסברים מתקבלים על הדעת לכל שלבי החיים, הטבע וכל היקום. הוא בילה ימים רבים בצום, תפילה ולימוד ובמאמציו הבלתי נלאים לחדור לפנימיות התורה, גילה רבות מהמשמעויות האמיתיות של האמונה היהודית. כך עלה בידו לעבד שיטה מיוחדת במינה של תורת הקבלה, מקומה בעולם ותפקידה של התורה ומצוותיה בחיי האדם. 

בהיותו מלא השראה והתלהבות, ראה האר״י בתפקידו לטהר את העולם מהיסודות הבלתי טהורים ומרוח הטומאה השולטת בו. בשנת 1569 הוא לקח את משפחתו ועלה לירושלים ומכאן לצפת, אותה הפך למרכז לימוד הקבלה. עד מהרה התקבצה סביבו קבוצה גדולה של תלמידים, שנהו אחריו, האזינו להסבריו באשר למשמעות העמוקה של כל המאורעות המתרחשים בעולם. מפעם לפעם הצטרפו אליו יותר ויותר אנשים שקיבלו על עצמם מרצון חיי קדושה  וסיגופים, אותם הנהיג האר״י הקדוש והעמיד כדרישה בל תעבור בחוגי מקורביו.

בהשפעתו קיבלה התפילה בחוגי המקובלים משמעות מיוחדת, עמוקה יותר, באשר הוא הסביר כל מילה וכל פסוק והמשמעות הקבלית הסודית המסתתרת מאחוריהם. ימי החג והצומות הפכו בהנהגתו לנקודת מוקד בחיים הדתיים והשבת נתמלאה השראה של קדושה, באשר היא הוקדשה כולה לפעילות רוחנית בלעדית. כל ארוחת שבת בה שרו שירי קודש, אשר רבים מהם נכתבו והולחנו ע״י האר״י בעצמו, היו כקרבן מיוחד המוקרב לה׳ ואילו סעודת מלווה־מלכה שבמצאי־שבת הפכה לחווית פרידה של השבת היוצאת, שרישומה ניכר בכל ימות השבוע. בצורה כזו נתן האר״י הקודש תוכן חדש לחיים היהודיים, תוכן ער ותוסס יותר, תוכן צבעוני יותר.  

תורתו של האר״י התפשטה בעולם והגיעה לכל פינה בה חיים יהודים. אחד המפיצים העיקריים של תורת האר״י היה תלמידו וממשיך־דרכו כראש תנועת המקובלים, רבי חיים וויטל. הוא רשם את הגילויים של רבו הגדול וההסברים שלו על תופעות שונות וספריו נמנו אל אותם ספרים שנדפסו פעמים רבות באותם ימי בראשית של מקצוע הדפוס.  

תלמיד מובהק אחר של האר״י היה רבי ישראל סרוק. אישיותו של רבי יצחק לוריא השפיעה על רבים מגדולי ישראל, שחדרו בעיקבותיו לעולמה של הקבלה. הוא נפטר בגיל צעיר (39). כל העם היהודי התאבל על מותו ללא עת.

על אף ימיו חייו הקצרים הוא הטביע חותם בל יימחה על החיים היהודיים ועל מחשבת ישראל. הוא הנהיג מנהגים רבים, שהפכו חלק בלתי נפרד מחיי היום־יומיים. תפילותיו וניגוניו, כמו זמירותיו נתקבלו בחוגים רחבים וחלקם אף נכנסו לסידור התפילה. קהילות רבות מתפללות לפי מה שנקרא ״נוסח האר״י״ ורבות מתורותיו שימשו יסוד לתנועה החסידית הגדולה.

הודות להשפעתו הגדולה והשראה הרוחנית שקרנה ממנו, היתה היהדות מסוגלת לעמוד איתן בצוק העיתים, מול רעיונות הכפירה ששטפו את העולם במאה ה־ 16 וה־17. האר״י הקדוש נחשב אחד המאורות הגדולים ביותר בשמי עם ישראל.