קודש הקודשים החדר הפנימי והחשוב ביותר במשכן ובבית המקדש. אורכו היה עשרים אמה, ורחבו עשרים.

בבית המקדש הראשון שבנה שלמה המלך שכן בתוך קודש הקודשים ארון הברית ובו לוחות הברית, ועליו הכפורת עם הכרובים מעליה. נצבו לצדי הארון, על פי המקרא, שני פסלי ענק של כרובים עשויים עץ בציפוי זהב, שגובהם עשר אמות (כחמישה מטרים) ומוטת כנפיהם גם היא עשר אמות. ליד הארון (או בתוכו) הונח ספר התורה שכתב משה רבינו וכן צנצנת המן, ומטה אהרן הכהן (זכר לניסים אלו). בסוף תקופת בית ראשון גנז חזקיה את הארון ובבית שני נותר רק סלע היסוד של ההר - אבן השתיה (בגובה של שלוש אצבעות ובאורכו ורחובו של הארון), שהיא הנקודה המרכזית שממנה נברא העולם ע"פ המסורת היהודית.

על פי המסורות היהודית עמד הארון בנס. אורכו ורחבו של קודש הקודשים הם זהים לאורכם של הבדים. אורך הבדים אינו כולל את רוחב הארון (שאליו חוברו הבדים). כמו כן מסופר שהבדים היו מדויקים באורך קודש הקודשים, ונראו מבחוץ כמין שתי בליטות על הפרוכת - "כשני דדי אישה", זאת כדי שביום הכיפורים יוכל הכהן הגדול לדעת היכן להזות.

הכניסה אליו

בדרך כלל חל איסור מוחלט להיכנס לקודש הקודשים, מלבד הכהן הגדול ביום הכיפורים. בין קודש הקודשים לבין הקודש - החדר הגדול יותר שלפני קודש הקודשים, שבו הוצבו המנורה , מזבח הזהב ושולחן לחם הפנים - הייתה הפרדה. בבית המקדש הראשון - חומת אבנים, ובבית המקדש השני, שתי פרוכות ואמה מבדילה ביניהם. מידות קודש הקודשים היו עשר על עשר אמות (כחמישה על חמישה מטרים) במשכן, ועשרים על עשרים אמה (כעשרה על עשרה מטרים) בבית המקדש.

במקרים בהם נדרשו תיקונים בקודש הקודשים היו משלשלים מלעלה אומנים בתיבות מיוחדות, הפתוחות רק מצד אחד, כדי שלא יזינו את עיניהם ביופי. לצורך תיקונים היה מותר גם לאנשים אשר אינם כוהנים, ואם היה צורך גם לטמאים להיכנס לקודש הקודשים.

בבית שני

בעת שבנה שלמה את הבית הראשון, ידע ברוח הקודש שסופו ליחרב, ובנה בו מקום לגנוז בו את הארון למטה במטמונית עמוקות ועקלקלות, ואכן בחורבן בית ראשון נטמנו שם הארון והצנצת והמטה על פי ציויי יאשיהו המלך. הרבי ביאר כי בבית שני שרתה קדושת קודש הקדשים על ידי מטמוניות אלו, אשר שלמה המלך הכינן ובנאן לשם קדושת קודש הקדשים, ובהם היה הארון.