בזמן בו כל עם ישראל היה בארצו היה בית המקדש מרכז העם היהודי, מרכז תורני ומרכז הנהגתי לאומה כולה. אחד מהדברים המרכזים שיתווספו בגאולה לאחר שעם ישראל כולו ישב על אדמתו, הוא בנין בית המקדש, ועבודת הקרבנות. ערך זה אינו עוסק בבית המקדש, אלא בחידושים שקשורים עם בית המקדש השלישי.
בנייתו
בנוגע למי יבנהו נכתבו שתי דעות, במדרשים נאמר שבית המקדש השלישי יבנה על ידי הקב"ה, (בשונה מבתי מקדש הקודמים הראשון והשני, שנבנו על ידי עם ישראל עצמו), כמו שנאמר בפסוקים "מקדש ה' כוננו ידיך", פסוק זה נאמר על בנית הבית השלישי, כן את הפסוק "במעשה ידיך ארנן" פירשו על הבית השלישי. גם דעת רש"י ותוס' במסכת סוכה שמקדש העתיד שאנו מצפין בנוי ומשוכלל הוא יגלה ויבא מן השמים.
לעומת זאת בגמ' ירושלמי ובמדרשים נוספים נאמר על הפסוק עורי צפון ובואי תימן, אלו הגלויות או מלך המשיח, הנתונים בצפון -גלות בבל, יבואו ויבנו את בית המקדש הנתון בתימן - כלומר בדרום, כלומר שהבניה תהיה על ידי אדם.
להלכה פסק הרמב"ם, "המלך המשיח עתיד לעמוד ולהחזיר מלכות דוד ליושנה לממשלה הראשונה. ובונה מקדש במקומו", כלומר שבנית ביהמ"ק תהיה על ידי מלך המשיח.
אדמו"ר שליט"א כותב מספר אפשריות שחלק מהמקדש יבנה על ידי אדם וחלקו יבנה מהשמים ובכך מתווך בין הדעות הנ"ל.
בקונטרס בית רבינו שבבבל כותב אדמו"ר שליט"א שביהמ"ק יתגלה משמים תחילה בבית רבינו שבבל כלומר ב-770, ורק לאחר מכן בית המקדש יעבור לירושלים, (כמובן באופן ניסי).
זמן בנייתו ביחס לביאת בן דוד
בגמ' נאמר שבית המקדש נבנה כהכנה למלכות דוד כלומר לפני שמגיע מלך המשיח. כך דרשו בגמ' את הפסוק: "אחר ישובו בני ישראל" כלומר לאחר שיבנו את בית המקדש, "ובקשו את דוד מלכם".
אך לאידך נאמר שבית המקדש יבנה על ידי מלך המשיח כלומר שחזרת מלכות דוד קודמת לבנין בית המקדש.
להלכה פסק הרמב"ם: "המלך המשיח עתיד לעמוד ולהחזיר מלכות דוד ליושנה לממשלה הראשונה, ובונה מקדש במקומו", מסדר דבריו של הרמב"ם (שגם הסדר בדבריו נכתב בדיוק רב), מוכח שקודם תחזור מלכות דוד, ורק לאחר מכן יבנה בית המקדש.
זמן בניתו ביחס לקיבוץ גלויות
במדרש ילקוט שמעוני נאמר: "מסורת אגדה היא, שאין ירושלים נבנית עד שיתכנסו הגלויות . . שנאמר בונה ירושלים ה' כי נדחי ישראל יכנס". פי' הפסוק הוא שה' יבנה את ירושלים מאחר שאת נדחי ישראל קבץ כבר. כלומר שקיבוץ גלויות קודם לבנין הבית.
לאידך, לדעת הזהר והגמ' בנין הבית קודם לקיבוץ גלויות. מקורם של הזהר והגמ' הוא גם מהפסוק "בונה ירושלים ה' נדחי ישראל יכנס" רק שלשיטתם ביאור הפסוק הוא בונה ירושלים ה' ורק לאחר מכן נדחי ישראל יכנס.
להלכה כתב הרמב"ם "יעמוד מלך מבית דוד . . ובנה מקדש במקומו וקבץ נדחי ישראל", מהסדר בדבריו מוכח דעתו שבנין בית המקדש קודם לקבוץ גלויות.
החידושים שיתווספו בו
בספר יחזקאל מתנבא יחזקאל על בית המקדש הג', בנבואה זו מבואר שבית המקדש יהיה שונה בצורותו מהבתי מקדש הקודמים. ההבנה בפסוקים אלו בספר יחזקאל קשה מאד, כך שחלק גדול מהמפרשים אכן נחלקו איך יראה בדיוק בית המקדש הג'.
יעלו אליו כל שבת ור"ח (בשונה מבתי מקדש הקודמים אליהם עלו רק ג' פעמים בשנה) כמו שנאמר: "והיה מידי חודש בחודשו ומידי שבת בשבתו יבוא כל בשר להתשחוות לפני אמר ה'".
חלק מבניינו יהיה מברזל, (בשונה מהבתים הקודמים בהם נאסר השימוש בברזל בבנית הבית), כיון שלעתיד הברזל כבר לא יהיה כלי משחית, לאחר קיום היעוד וכתתו חרבותם לאתים, לכן הברזל רק יסמל את התוקף והנצחיות של הבית השלישי.
כל הבתי כנסת לעתיד יהיו מחוברים לבית המקדש השלישי, בגמ' למדו זאת קל וחומר מכך שבשעת מתן תורה הגיעו הרים מסוים על מנת שיקבלו עליהם את התורה, כל שכן במתן תורה דלעתיד תורה חדשה מאתי תצא שיבואו כל הבתי כנסת ויתחברו לבית המקדש.