הפרה האדומה מטהרת כל מי שנחשב טמא-מת (למשל, מי שנוגע במת או נמצא עמו תחת קורת גג אחת). שוחטים את הפרה ושורפים אותה, את האפר שנוצר ממנה מוהלים במי מעיין חיים, ומהתמהיל מזים על הטמא.
 
המוות הגיע לאנושות בעקבות הטומאה שחולל חטא עץ הדעת. במעמד מתן תורה נטהר העולם לחלוטין מהטומאה שיצר חטא עץ הדעת וכתוצאה מכך התבטל מושג המוות.  אך בעקבות חטא העגל התחדשה הטומאה וחזר המוות. וכפי שאומרים חז"ל כי אילו בני-ישראל לא היו חוטאים בחטא העגל, היינו זוכים ל"חירות ממלאך המוות". ובמילים פשוטות: לא הייתה מיתה בעולם.
 
נמצא, שהפרה האדומה מתמודדת בעצם עם ההשלכות השליליות של חטא העגל. אלא שהמענה שנותנת הפרה הוא לטומאה שבמוות ולא למוות עצמו. רק לעתיד לבוא תספק הפרה האדומה מענה מושלם לחטא העגל. הפרה האדומה שתישחט עם בוא המשיח תבוא במקביל להיעלמות הסופית של המוות בעולם ותסב לנו "חירות ממלאך המוות".
 
בתמהיל שיוכן מהאפר של אותה פרה יטהרו את כל אלו שנטמאו למת בזמן הגלות, ויותר לא יהיה צורך להשתמש בפרה אדומה, משום שכל המתים יקומו לתחייה ותופעת המוות תיכחד. וכמו שנאמר: "בילע המוות לנצח ומחה השם אלוקים דמעה מעל כל פנים" (ישעיה כה, ח).
 
מעניינת התבטאותו הנדירה של הרמב"ם בהקשר לפרה הזו: "(ותשע פרות אדומות נעשו משנצטוו במצווה זו עד שחרב הבית בשנייה...) והעשירית יעשה המלך המשיח, מהרה ייגלה אמן כן יהי רצון". הרמב"ם הכניס לספר שכולו הלכות – תפילה על הגאולה, ודווקא במקום שהגאולה מוזכרת בדרך אגב. ללמדנו כי קיימת חובה הלכתית להתפלל בכל הזדמנות על הגאולה, גם כאשר מעלים אותה בדרך אגב.